国际方面：
1984年～1988年，与世界自然基金会美国哺乳动物专家乔治•夏勒博士、植物学专家艾伦•泰勒、动物学专家肯•约翰逊及西华师范大学（原南充师范学院）动物学专家胡锦矗教授、植物学专家秦自生教授合作，对大熊猫、扭角羚、黑熊生态学方面的课题研究，取得了《唐家河自然保护区大熊猫与亚洲黑熊摄食行为生态研究》、《唐家河自然保护区扭角羚摄食行为生态研究》、《唐家河自然保护区黑熊生态研究》成果。
1997年～2007年，保护区与周边社区分别实施了中德合作四川自然资源保护管理项目（GTZ）和中德合作四川造林与自然保护项目（KFW），先后在保护区实施能力建设、野生动物管理、社区共管及巡护监测步行道建设等项目活动。
2002年～2005年，与美国华盛顿动物园、北京大学合作开展了红外相机野外兽类调查项目。
2003年～2008年，林业持续发展项目（GEF）——保护地区管理部分在保护区组织实施，进行保护区管理、技能培训、小型科研、社区共管、能源保护、保护意识教育等项目活动。
2004年～2006年，与美国华盛顿动物园、北京大学合作开展黑熊生态学研究项目。
2006年～2008年，与美国华盛顿动物园、中国科学院动物研究所合作开展扭角羚生态学研究。

国内方面：
1984年～1988年，与西华师范大学、华东师范大学合作进行了大熊猫、扭角羚、金丝猴、林麝种群数量、领域、集群、繁殖、摄食等生态学领域研究，取得了大熊猫生境选择、扭角羚繁殖行为与数量分布研究、林麝种群密度保护与利用、金丝猴行为生态研究等成果。
1989年～1990年，与西华师范大学合作进行了小型兽类种类、密度、分布调查研究，取得小型兽类种类、分布、年龄结构、密度等科研成果。
1998年，与四川省野生动物资源调查保护管理站、浙江大学、四川大学合作进行了大熊猫种群数量及栖息地研究，取得《唐家河自然保护区大熊猫种群数量及栖息地的移动》成果。
1998年开始进行大熊猫及伴生动物、栖息地生态监测，建立了生态监测地理信息系统，建立了较为完善的自然资源档案系统。
1999年，作为试点单位，进行了第三次大熊猫资源调查；同年，保护区完成了两栖爬行动物资源调查，完成了《唐家河自然保护区两栖爬行动物资源调查报告》。
2001年，保护区完成了鸟类资源调查，取得了《唐家河自然保护区鸟类资源》和《唐家河自然保护区鸟类区系和生态类群》成果。
2002年～2004年，保护区进行了周边社区10个村社会经济结构、资源利用方式、影响趋势等综合调查研究，取得了《唐家河自然保护区周边社区综合调查报告》、《唐家河自然保护区周边林缘社区野生动物冲突与管理对策研究》及《唐家河周边林缘社区能源利用冲突分析与管理对策探讨》成果。
2002年～2006年，与西华师范大学合作对大熊猫与扭角羚种间竞争、鬣羚、斑羚生境选择等生态学方面的研究，取得了种间竞争与生境选择研究成果。
2005年，与西华师范大学珍稀动植物研究所合作完成了资源本底调查，共同编写出版了《四川唐家河自然保护区综合科学考察报告》。